על סף התקופה המודרנית
במאה ה- 17 חל שינוי בתפיסה הכללית של מדע הרפואה, והמדע המודרני בכללותו החל להתפתח. הרפואה עברה לחיפוש אחר תרופות סינטטיות כימיות, ואילו הבוטניקה הפכה למדע עצמאי המתאר צמחים ובודק כיצד הם חיים. רפואת הצמחים הפכה לרפואה עממית פולקלוריסטית, שלא היה לה מקום בבתי החולים הממוסדים וברפואה הקונבנציונלית.

במאה ה­- 19 החלה הכימיה להתפתח, ומהר מאוד גילו שבצמחים יש חומרים פעילים המצויים בהם בכמויות זעירות והיכולים להשפיע לטובה על כל מיני תחלואים. הכימאים בודדו את החומרים הללו וייצרו מהם תרופות. זו היא המהפכה הפיטוכימית של המאה ה- ­19. בשלב הבא יצרו הכימאים­ והרופאים תרופות ייחודיות למחלות. זה היה חידוש, שכן קודם לכן סברו שכל צמח יכול לרפא מחלות רבות. עד שנת 1910 היו מוכרות רק שתי תרופות צמחיות ספציפיות: הכינין, תרופה נגד מלריה, וצמח האיפקקנוהה, ממנו הפיקו תרופה נגד דיזנטריה. האלקלואיד אמטין המצוי בצמח זה משמיד את האמבות הגורמות לדיזנטריה. את התרופה האחרונה גילה והפיק, החוקר הצרפתי מג’נדי, (1783-­1855), שנחשב כאבי הפרמקולוגיה הניסויית. אחריו קמו עוד מספר חוקרים, שהחלו גם הם לייצר תרופות סינטטיות שהיו חיקוי כימי לחומרים הפעילים בצמחים. עד מהרה התגלה, שייצור תרופות סינטטיות זול יותר ובטוח יותר, מאשר תרופות צמחיות. השימוש בצמחים הלך וירד באופן הדרגתי, עד שבתחילת המאה ה-­20 כבר היו בכל התרופיונים (רשימת התרופות המצויה בכל בית ­חולים) יותר תרופות סינטטיות מאשר תרופות שמקורן ישירות בצומח.

גם אצל ערביי ארץ ישראל, בראשית המאה ה- 20 היתה רפואה עממית שהתבססה על ריפוי בעזרת צמחי בר. המקורות שלנו על רפואה זו הם ספריהם של החוקרים אפרים הראובני ולואיז בלדנספרגר. הראובני עלה לארץ בשנת 1906 והחל לחקור את צמחייתה ואת הפולקלור הערבי הקשור בה. בכך יצר תחום מדעי חדש ­ "בוטניקה תנ'כית": זיהוי צמחי התנ”ך, המשנה והתלמוד. במסגרת זו הצליח לזהות מאות מהצמחים הנזכרים במקורותינו.

לואיז בלנדספרגר היתה מיסיונרית נוצריה, שהגיעה לארץ ישראל ב- 1848 וחיה בכפר ארטאס ליד בית לחם. אחיה היו כוורנים, ומכאן חיבתם של בני המשפחה לפרחים ולצמחים. היא החלה לעסוק בחקר הצומח של ארץ ישראל, וחקר הרפואה העממית הנהוגה אצל הערבים בארץ. ב- 1931 ביקרה אצלה הבוטנאית גרייס קרופוט, והן החליטו לכתוב ביחד ספר שעניינו הפולקלור הצמחי של ארץ ישראל. כך נולד הספר "From Cedar to Hyssop" ("מהארז עד לאיזוב"), שנחשב לספר הטוב ביותר בנושא.

בראשית המאה רווחה בקרב הערבים, הבדואים והפלאחים האמונה, שהמחלות נגרמות על­ידי שדים, ("ג’ינים"), לכן מלווה הרפואה העממית שלהם בהרבה אמונות תפלות במעשי כשפים: לעתים מכים את החולה, או עושים בו כוויות בברזל מלובן, כדי לגרש את השד מגופו. במקרים רבים אין בולעים את התרופה הצמחית, אלא תולים את הצמח בשרשרת סביב צוואר החולה. לפעמים משאירים את תה הצמחים שנועד לשמש כתרופה מחוץ לבית במשך הלילה, זאת כדי שהכוכבים ישפיעו עליו לטובה.

אצל הערבים, כמו באירופה של ימי הביניים ובסין הקדומה, נהגו להשתמש בצמחים הדומים לאיברי אדם, כדי לרפא את האיברים או הסימפטומים הדומים להם. וזאת, כמו בתורת הצורות של פרצליוס, מתוך אמונה שהבורא רמז לבני האדם באמצעות צורות הצמחים, על סגולותיהם לרפא. הפלאחים הערבים היו משוכנעים ביכולתו הרפואית של כל צמח, גם כאלה שלא הכירו כלל. הצמחים המוכרים כצמחי רפואה לא היו ספציפיים בדרך כלל, וכל אחד שימש לריפוי כמה מחלות. היו גם מקרים רבים, שצמח ששימש בשבט אחד לריפוי מחלה מסוימת, שימש בשבט אחר לריפוי מחלות אחרות.