הגנה
קול
התנהגות ההגנה הבסיסית של רוב הנחשים היא – הבריחה והנשיכה. כאשר האיום מרוחק יותר – הנחש ישנה כוון ויברח בדרך כלל. כאשר הנחש מאויים או מותקף ישירות וממרחק קצר הוא ינסה לנשוך ובנחשים הארסיים – להכיש, ולהשתמש בארס כאמצעי הגנה. בנוסף לבריחה, נשיכה וההכשה פתחו נחשים רבים אמצעי הגנה נוספים: התנהגויות מפחידות, השמעת קולות מפחידים, צבעים בלתי צפויים, ריחות מרתיעים והתנהגויות רמייה. יש נחשים שינסו לנשוך תמיד (כאשר תופסים אותם) ואילו אחרים – בהיותם בשבי – יתרגלו לאט לאט לנוכחותם של בני האדם ויפסיקו לנשוך כשלוקחים אותם ביד. מינים אחרים (כמו החנק, הכרכן והבואה קונסטריקטור) אינם נושכים כלל ואפשר להחזיק אותם ביד ללא כל חשש.
ריח
נחשים רבים מפרישים – בזמן התפיסה – חומר בעל ריח דוחה דרך בלוטות מיוחדות הנמצאות בביב או לידו. החומר המופרש הוא בעל ריח רע וצמיג מאוד וטעמו כנראה נורא ואיום שכן בעלי חיים ש"זכו" לטעום ממנו יעזבו מיד את הנחש וירוצו לחפש מים לשטוף את הפה. החומר הזה מחזיק מעמד הרבה מאוד זמן וקשה מאוד להיפטר מהריח הזה – לפחות במינים מסויימים. יש נחשים שתוך כדי הפרשת החומר הזה מתכדרים או יוצרים צורת 8 כך שכל גופם נמרח בחומר הזה ויוצר הגנה כפולה ומכופלת להם. השיא הוא כנראה בנחש המצחין הסיני (Elaphe carinata) שאצלו הריח נורא ואיום והבלוטות המפרישות אותו גדולות מאוד. לנחש ארך האף הסינלואני (Rhinocheilus lecontei antonii) יש בלוטות גדולות גם כן הנמצאות בפתח הביב והוא מתגונן על ידי זריקת חומר הריח על המתקיף על ידי הרמת הזנב באויר והשלכת החומר מהביב קדימה על התוקף.

צבעי הסוואה
נחשים רבים מתגוננים גם על ידי צבעי הסוואה שגורמים להם להתמזג ברקע כך שלא יזהו אותם. הצפע הא"י למשל מותאם לרצפת החורש הים-תיכוני, שם יש שכבה של עלים מתים בגוונים שונים של חום – וברקע הזה דגם הצבע שלו יסווה אותו וקשה מאוד לגלותו. נחשי המדבר בארץ הם בדרך כלל בצבע החול או הקרקע ולכן הם בהירים מאוד. במין ארבע-קו מובהק הפרטים הצפוניים בארץ הם בעלי פסים כהים ובולטים בעוד שבפרטים של אזורי המדבר הפסים בהירים מאוד – כדי להתמזג בצבע הרקע הכללי של קרקע המדבר. העכן הקטן, שחי בחולות המדבר, משקיע את עצמו בתוך החול (ורק עיניו בולטות מעל קו החול) כך שהוא מוסווה היטב ומוגן מהעופות הטורפים שמחפשים אותו.
צבעי אזהרה ואמצעי הגנה נוספים
במקרים בהם ההסואה הרגילה נכשלת יש נחשים שפתחו אמצעים משניים משוכללים לא פחות: נחש הערבות בעל צוואר הטבעת (Diadophis punctatus arneyi) הוא בעל צבע אפור שמתמזג ברקע. במקרה שהוא מתגלה ומותקף הוא מכדר את זנבו וחושף את צבעו האדום מול התוקף (בדרך כלל – עופות דורסים). החשיפה הפתאומית של צבע בוהק שכזה מבלבלת כנראה את הטורף ומקנה לנחש הזמנות נוספת להימלט. כמו כן גורמת החשיפה הזאת להתמקדות הטורף בזנב במקום בראש הפגיע של הנחש. במקרים רבים הנחשים משתמשים ברמייה: נחשים לא-ארסיים שיש להם צבעים הדומים לצבעים של נחשים ארסיים (זעמן המטבעות שמחקה כנראה את הצפע הא"י), "נחשי החלב" הלא ארסיים ש"מתחפשים" לנחש אלמוגים המסוכן מאוד וכך מצילים את עצמם, מינים מסויימים נכנסים לעילפון מדומה בשעת סכנה ונשארים חסרי תנועה כשהם שכובים על גבם וכדומה.
אחרים מתכווצים בצורת קפיץ כשראשם מוסתר במרכז (שרף עין-גדי). לעיתים ננקטים אמצעי התגוננות פעילים, כגון הקמת רעש אופייני של לחישה תוך כדי פליטת האוויר מן הריאות ושקי האוויר. במינים מדבריים מסוימים מוקם הרעש על ידי שפשוף הקשקשים בעלי הקרינים שבצידי הגוף. אצל נחשי הפעמונים מהסוג Crotalus (עכסנים) מתפתח בקצה הזנב איבר העשוי כיפות כיפות של חומר קרני. תנועתו של איבר זה גורמת לקול שקשוק אופייני. נחשים רבים אחרים משטחים את גופם , מנפחים או מרחיבים את איזור הצוואר שלהם כשהם נתקלים בהפרעה כלשהיא. דרך זו בולטת במיוחד אצל הקוברות (בארץ אצל תלום קשקשים מדברי).
נחשים רבים משתמשים ברעש להפחדה והם נושפים דרך הפה כדי ליצור את הרעש המפחיד הזה. מאחר וזה הוא תהליך המבזבז מים (הנפלטים תוך כדי הנשיפה) הרי שבנחשי מדבר מסיימים מושמע הרעש הזה על ידי חכוך הקשקשים אלה באלה ולא על ידי נשיפה – כדי לחסוך במים (למשל: האפעה המגוון). העכסנים למיניהם פתחו מכשיר רעש מיוחד: החוליות האחרונות של הזנב הפכו לחלולות וקרניות כך שנענוען גורם להשמעת רעש מפחיד שמרתיע תוקפים פוטנציאליים.