מבנה
הגוגלגולת היא בעלת בסיס רחב והעיניים רחוקות זו מזו. קופסית המוח מורחבת ומכוסה בעצמות המצח והקודקוד המתפשטות ויורדות לצידי הגולגולת ולרצפת קופסית המוח. אין בגוגלגולת קשתות צדע (קשתות טמפורליות). איזור הלחי חופשי מעצמות ותפוס על ידי מערכת שרירים מפותחת ביותר. הגולגולת מצטיינת בחיבורים גמישים בין העצמות: העצם הרבועה, הכניפה, החך, הלסתות העליונות והתחתונות (המשמשות לבליעת הטרף, לנשיכה ולהכשה). כל אלה, פרט לעצם הרבועה, נושאות בדרך כלל שיניים. בעצם הבין לסתית אין שיניים, חוץ מאשר בקבוצות אחדות, כגון הפיתונים. בין העצם הבין-לסתית לבין עצם הלסת העליונה אין בדרך כלל חיבור גרמי. עמוד השדרה עשוי חוליות רבות: מספרן מגיע עד 400 ויותר במיני החנקים הגדולים (במינים המאובנים עד 560!). כל החוליות הן פרוצליות (קעורות מלפנים) וחוץ מהחיבורים הרגילים יש ביניהן מערכת זיזים נוספת המחזקת את עמוד השדרה ((Zygosphene, Zygantrum. כל החוליות, חוץ מחוליות הצוואר הראשונות, נושאות צלעות. עצם החזה חסרה והצלעות חופשיות ומונחות בין השרירים. כל זוג צלעות מחובר ומעוגן (על ידי שרירים) לצלעות שלפניו ומאחוריו. הצלעות גם מחוברות למגיני הגחון – כדי לאפשר את התנועה המיוחדת של הנחש. אין לנחשים שלד של גפיים או חגורות גפיים. רק במינים אחדים, הנחשבים לפרימיטיביים, קיימים שרידים של חגורת הגפיים האחוריות ואצל החנקים נראות שתי בליטות לצידי הביב.
לנחשים מערכת שרירים מפותחת. שרירי הגוף רבים ודקים. ביניהם ישנם כאלה הנמשכים מפרק אחד של הגוף למשנהו ואחרים המחברים פרקים הרחוקים זה מזה.
האיברים הפנימיים של הנחשים מאורכים, והאיברים הזוגיים מסדורים לעיתים לסרוגין, או שאחד מבני הזוג חסר. (במילים אחרות: הסימטריה הבילטרלית הקיימת ברוב בעלי החיים לא קיימת כאן). אורכו של הכבד שונה במינים שונים: הוא נמצא בדרך כלל באיזור שבין הלב לקיבה. בעוד כיס המרה נמצא בחלק האחורי, צמוד לפנקריאס ולטחול. גופי שומן מפותחים נמשכים לאורכו של חלל הבטן וגודלם תלוי במצב התזונתי של הנחש. (גופי השומן הללו משמשים בתור מאגרי מזון לתקופות קשות – תקופת ההיברנציה אצל נחשים החיים באזורים הממוזגים והקרים, או תקופת "ההריון" בנקבות באותם מינים המשריצים את הוולדות. הריאות שונות בגודלן: הריאה השמאלית קטנה יותר, מנוונת או חסרה. בנחשים הפרימיטיביים ( כמו בני משפחת ה-(Xenopeltidae יש שתי ריאות אך השמאלית קטנה בחצי מהריאה הימנית. בפיתוניים וובבני הסוג בואה הריאה השמאלית הצטמצמה עוד יותר וגודלה כשליש מגודל הריאה הימנית. בזעמניים (הנחשבים מתקדמים יותר) הריאה השמאלית נעלמת לחלוטין או שהיא מופיעה כתוספתן קטן חסר תפקוד לחלוטין. לצפעונים אין בכלל ריאה שמאלית, ואילו החלק הקדמי של הריאה הימנית מהווה את הריאה הטרכיאלית באיזור הקנה. הריאה מגיעה עד לאזור קצה הלב, שם היא מאבדת את אספקת הדם העשירה והופכת לשק אויר ארוך בעל דפנות חלקים, המגיע לעיתים עד קצה הגוף. הלב ומערכת הדם דומים כללית לאלה של הלטאות. הלב עצמו מאורך וכמו אצל כל הזוחלים הוא יעיל רק באופן חלקי: יש בו רק 3 חדרים כך שהדם המחומצן והדם רווי ה-CO2 מתערבבים ואין הפרדה ביניהם. במילים אחרות: יעילות העברת החמצן לתאים פחותה מזו שבעופות וביונקים. עורק הראש השמאלי מפותח והימני דק מאוד ועדין או לפעמים חסר אצל הנחשים העילאיים. בצפע, וריד הראש השמאלי קצר באופן ניכר מן הימני. וריד הבטן מתפצל לשלוחות רבות בין אונות הכבד אך בחלקו עובר ישירות אל הוריד הנבוב התחתון (Frenkel & Kochva, 1970).