על המדרשה, בשנת ה- 30 לבית ספר שדה
המדרשה הוקמה ב- 1963, כ- 50 קילומטר דרומית לבאר-שבע, על-פי המייסדים: ברוח חזונו של דוד בן-גוריון, מי שהיה ראש הממשלה הראשון של מדינת ישראל. היא נועדה, עם הקמתה, להיות קריה לחינוך ולמדע.
ב- 30 השנים האחרונות עברו את המדרשה מאות חוקרים, אנשי צוות, מחנכים ועובדים.
כיום גרים בה כ- 500 איש.


מערכת החינוך במקום כוללת את המוסדות הבאים:
בית-הספר התיכון לחינוך סביבתי
לומדים בו כ- 260 תלמידים מכל רחבי הארץ. זהו תיכון עיוני, הכולל פנימיה, והוא משלב שיטות הוראה בין-תחומיות, וקולט בוגרי כיתות ח' ו-ט'.
אתר האינטרנט של בית הספר התיכון
בית-ספר שדה על-שם נחמה ויהושע כהן
זהו אחד משני בתי-ספר ראשונים שהוקמו בארץ. (בית-ספר שדה עין-גדי היה ראשון בתי-הספר). הוא משמש מרכז הדרכה ולימודי שדה בנושאים הקשורים לנגב ולמדבר: גיאולוגיה, גיאוגרפיה, בוטניקה וזואולוגיה מדברית, התיישבות קדומה, התיישבות חדשה. דגש מיוחד שׂם בית-הספר על נושאים אקולוגיים, ומקיים במקביל פעילות עניפה בתחום שמירת הטבע ואיכות הסביבה.
אתר האינטרנט של בית ספר שדה
בית-הספר היסודי ממלכתי 'צין'
בית-ספר קהילתי קטן, כ- 180 תלמידים, המשרת את תושבי המדרשה וילדי משפחות צבא הקבע בבסיס רמון הסמוך.
היחידה לפיתוח תכניות לימודים
עוסקת בפיתוח, הוצאה לאור והפצה של תכניות לימודים בתחום החינוך הסביבתי. התכניות, המעובדות על-ידי אנשי מקצוע של המדרשה, מיושמות במוסדות החינוך המקומיים ובמוסדות חינוך ברחבי הארץ.
מרכז אזורי לתלמידים מחוננים
מטרת המרכז לטַפֵּח תלמידים מוכשרים, מעבר למסלול הלימודים הפורמלי, ולחַזֵק את הקשר בינם לאזור, מתוך מגמה לגַבֵּש מנהיגות חברתית צעירה שתגלה מעורבות ואיכפתיות לקורה באזור. כ50- תלמידים, מירוחם, דימונה, מצפה-רמון ורמת-הנגב, יחד עם עשרות נערים נוספים מהמקום, לוקחים חלק בפעילויות החינוכיות המתקיימות במרכז.
המרכז הישראלי להישרדות
פועל בשיתוף עם 'החברה להגנת הטבע'. מטרתו הקניית מיומנויות בתחום ההישרדות, החילוץ ותושיית השדה, תוך חינוך להכרת הארץ ושמירת הטבע. אוכלוסיית היעד כוללת בני נוער, חיילים, תיירות פנים וחוץ. עיקר הפעילות מתבצעת בשטח.
ספרייה מרכזית
ספרייה ייחודית ללימוד ומחקר בתחום החינוך הסביבתי. יש בה כ- 35 אלף ספרים.
בנוסף למוסדות החינוך פועלת במקום יחידת הסברה דרום של צה"ל.

הפעילות החינוכית במדרשת שדה-בוקר נשענת על שיתוף פעולה עם שני מכוני מחקר אוניברסיטאיים הקיימים במקום: המכון לחקר המדבר על-שם יעקב בלאושטיין - העוסק בחקר תופעות מדבריות, בדרכים ובאמצעים לפיתוח ויישוב הנגב; והמרכז למורשת בן-גוריון - העוסק בתיעוד, מחקר וחינוך בנושאים הקשורים לתולדות הציונות, הקמת המדינה, מורשת בן-גוריון וההתיישבות בנגב.
אתר האינטרנט של המכון לחקר המדבר
אתר האינטרנט של המרכז למורשת בן גוריון
בשנתם ה- 40 של בית ספר שדה ושל מדרשת שדה בוקר, גרים במדרשה כ- 1000 תושבים. המרכז הישראלי להשרדות והמרכז האיזורי לתלמידים מחוננים כבר לא פועלים במדרשה.
אתר האינטרנט של 40 שנים לבית ספר שדה
אתר האינטרנט של מדרשת שדה בוקר