פנימיה - רקע כללי הפנימייה היא מרכז החיים החברתיים ומהווה בסיס לחיים שיתופיים אינטנסיביים ומיוחדים. השותפות מתקיימת גם בקביעת אורח החיים: באסיפות השכבה, במועצת התלמידים ובוועדות השונות כמו תרבות, כספים, טיולים, מזון ופעילויות "ירוקות". הצוות החינוכי מלווה את "מעגל החיים" של תלמידי הפנימייה. מההשכמה בבוקר, הטיפול בחולים ועד הפעולה בערב וכיבוי האורות (יחד עם שיחת הנפש אל תוך הלילה). החיים בצוותא של צעירים ומבוגרים מהווה בסיס לקשר קרוב בכל ההיבטים הכרוכים בחוויות ההתבגרות: ההתלבטויות, הריגושים המתחים ועוד... הפנימייה מהווה את המקום שבו קורים "הדברים האמיתיים": חברת תלמידים מיוחדת וצוות מסור, חוברים כאן יחד ויוצרים מקום ואווירה יוצאת דופן, המאפשרים לחוות את תקופת גיל הנעורים באופן שונה ומיוחד. זאת תוך כדי צמיחה אישית משמעותית, מפגשים והכרויות משמעותיות עם חברים, בלב נוף מדברי עוצר נשימה, ולימודים ברמה גבוהה ומאתגרת. חבר'ה נהדרים, פעילות חברתית ותרבותית ענפה, המון טיולים ומסורות מרגשות כמו טקס זריחה שבו כל הפנימייה מקבלת את הזריחה הראשונה של השנה על אחד מההרים בסביבה, או עדלאידע מקומית בפורים, שבה כל שכבה בונה במשך שבועות יצירות מדהימות מחומרים בהם נעשה שימוש חוזר, כמו קנקלים, ארגזים וניירות ומציגה אותן לראווה בתהלוכה מרגשת בפורים ועוד מפגשים, אירועים וחוויות. כמו המורים בבית-הספר, גם צוות המדריכים בפנימייה מעניקים חופש לגילוי עצמי וחשיפה לסביבה, יחד עם כתף ואוזן קשבת וגם גבולות שעוזרים להתמודד בהצלחה עם המשימות והקשיים של גיל הנעורים. וכמו שאומרים מאות מבוגרנו: "כאן בשדה-בוקר עברתי 4 שנים מופלאות ומיוחדות שהיוו את היסוד המעצב של אישיותי". הצבת גבולות היא אחת המשימות המורכבות של הצוות, יחד עם החינוך לאחריות יומיומית ומעורבות בחיי החברה והקהילה. הצוות החינוכי כולל את אם בית, מדריך/ה ומחנכי הכיתות, וכן מרכז/ת פנימייה, יועצת חינוכית ופסיכולוג. לכל שכבת גיל שכונת מגורים משלה הממוקמת ליד מבני בית הספר. לרשות התלמידים חדרים ממוזגים ומרוהטים בהם חולקים 2-3 שותפים. בחדר האוכל,3 ארוחות מסודרות ביום ושתי ארוחות ביניים. בחדר הכביסה, מכונות לכביסה וייבוש. טיולים היציאה לטבע מהווה ערך מרכזי ומהותי בבית סיפרנו, לתלמידים מוצעות מסגרות מגוונת ליציאה לטיולים: הטיול האישי ייחודי לביה"ס ומאפשר, לקבוצות קטנות של תלמידים , לטייל לבדם בסביבה הקרובה למדרשת שדה בוקר, בהתאם לכללי משרד החינוך. טיול שבת - מספר טיולים מאורגנים, במהלך השנה, לכל תלמידי ביה"ס, למקומות נבחרים ומעניינים. טיול נודד טיול בן שלשה ימים במסגרת שכבת הגיל, המתקיים בדרך כלל באזורי הנגב, במתכונת מסע רגלי. פעילות חברתית הפעילות התרבותית עשירה ומגוונת. מטרתה לאפשר לכל אחד לבטא ולפתח את כישוריו ויכולתו. פעילות חוגים מתקיימת בנושאים כמו צילום, יוגה, תצפית ציפורים, דרמה, טאי-צ'י, מחול ואחרים. ערבי שישי, הרצאות וסופי שבוע בדגש מיוחד. פרויקט "לקחת חלק" של מעורבות בחיי הקהילה, פינת חי, פרויקט הצלת נשרים, ועוד ועוד..... בנוסף לאלה, המסורות המקומיות הייחודיות כמו טקס זריחה, עדלאידע, טיולי אימוץ ועוד. בקיצור... אין רגע דל בפנימייה! שירותים רפואיים במדרשה פועלת מרפאה המשרתת את אוכלוסיית התושבים ותלמידי הפנימייה של ביה"ס, שהוריהם חברי קופות החולים: כללית, מכבי, מאוחדת ולאומית. בצוות הרפואי רופא ושלש אחיות, כולם מתגוררים במקום. המרפאה פתוחה בכל יום ומקיימת כוננות במשך 24 שעות ביממה כולל בשבת וחג.